康熙三十三年(1694)，佛教臨濟宗第三十四代禪師僧樹璧奉湄洲天后宮神像來台，在諸羅海口笨港登入。時台灣荒地以闢，人口日增，笨港扼海交通要衝，船隻奏集，人口知增加尤速；彼輩均來自福建，素感神靈，無從瞻拜，故見僧人奉神像來，遂議留為主持香火，初賃民居，矮屋低簷，至為簡陋。康熙三十九年，再議公建，時有陳立勳者，為福建省同安鄉人，於明季即入台拓殖，於今嘉義縣鹿草鄉、六腳鄉；雲林縣水林鄉、北港鎮一帶擁有田園數十甲、店面甚多，為大業戶，並於今廟前左側，營土壟間，碾米販運內地，時感神靈，思報神恩，乃捐獻廟地，編竹葺茅，成一小祠，規模雖小，祈禱報賽，殆無虛日。
康熙六十年（西元1721年）朱一貴抗清事件發生，全臺騷動，清福建水師提督施世驃、南澳總兵藍廷珍率兵入臺。今臺南、高雄、屏東一帶，備受蹂躪，朱一貴最後雖然於笨港附近之溝仔尾莊楊旭家被縛，然兵並未波及笨港，生民未受塗炭，地區仍得繼續發展。
康熙六十一年（西元1722年）康熙駕崩，雍正繼位，笨港地區日益繁榮。雍正八年（西元1730年），神光屢現，荷庇佑者，璩金重建，易茅以瓦，至此觀瞻，煥然一新。諸羅縣令馮盡善復批准樹璧於笨港溪設渡以濟行旅，所得則為香燈之資。樹壁以「人能宏道，非道能宏人」，深知欲使廟宇萬馨香，則必培養生徒俾繼其志業，乃擇能澤（篤齋）為徒，夙夜勤加教導，俾傳其衣。而能澤亦能仰體師意，勤奮向學。及樹璧圓寂，能澤遂繼其志，主持祀事。
能澤於主持朝天宮祀事之餘，亦重繼任人才之培育，先後收錄岐衍、鼎梅、妙琛、妙鞏、妙珍等五人為徒，並量才分授以學。因能澤學養精湛，譽望日隆，遂為彰化縣令某禮重，聘兼彰化縣僧綱司事，總管虎尾溪以北宗教事務。
人傑地靈神自興，乾隆十六年（西元1751年）距雍正八年新建已二十一年，不免舟青剝落，土坍亦間亦有頃圯，能澤遂加以修茸。至乾隆三十九年（西元1774年）笨港縣丞薛肇熿蒞任，往訪能澤，既心儀其人，後以宮殿制角樸卑，不足以昭虔妥靈，乃謀於貢生陳瑞玉、監生王希明、蔡大成等人，並率先捐奉以為倡。笨港總約楊允夏、張克昌、行戶劉恒隆、陳愧賢、梅山蔡世國、鄭奇偉等人，聞訊紛紛解囊鼎力協助。
廟成共費銀一萬五千元，築成神殿二，拜亨二，東畔室仔二，共六間，正殿奉祀媽祖，後殿奉祀觀音佛祖、十八羅漢，薛肇黃並撰立碑，碑額云：「重修諸羅縣笨港北港天后宮碑記」以紀其事。碑石及當年雕刻之石雕龍柱二對，尚存留廟天宮聖父母殿前埕及正殿。光緒二十年（西元1894年）倪贊元編雲林縣采訪冊時，亦錄有重修諸羅縣笨港天后宮碑記於大榔東堡藝文殿。觀音佛祖殿內現存之龍柱雕刻雄渾生動，十足反應當時民風之敦樸及社會生機之渾厚。現今研究臺灣地區藝術史學者，皆視為珍寶。
相傳為當年臨濟宗第三十四代禪師僧樹璧所迎請來北港之軟身媽祖神像
而當年因渡海來台，媽祖金身又以軟身媽祖最為方便，
（一可在船艙內縮屈延展，二則施工用材簡易），所以北港祖媽，屬於較小的身軀
而目前北港朝天宮祖媽坐椅，有一說法為，台灣有名的大木匠師，陳應彬司
為凸顯北港祖媽的地位，特別設計這張龍椅給祖媽恭座。
此張座椅的特色在於，腳踏座前（不是踏座旁）的兩隻獅子，
很少有女性神祇的座椅會腳踏雙獅，
北港媽祖被清朝歷代皇帝褒封為天上聖母，又為天后。
顧可放置兩隻獅子，守護在媽祖身旁
北港媽祖的穿著都事由廟方的工作人員細心的裝扮下，信徒們才能看到如此莊嚴的北港媽祖
而北港媽祖的服裝（軟身衣），大部份由傳統橘色底為主，搭配白色的水繡
北港媽祖約民國８０年代後，工商業的興起，帶動了傳統工業的發展
銀帽的製作越趨於華麗，也因為北港媽只戴銀帽，豐富的內容，
讓人看了更賞心悅目。但由於銀帽價格昂貴，一般民家普遍用柳絲銀帽替代。
柳絲銀帽是最接近北港媽祖特色的帽子。若用紙帽，則失去了北港媽祖的風味
北港朝天宮內，最美的莫過於北港軟體副祖媽，相傳副祖媽為朝天宮祖媽會的爐主媽
後來升格為副祖媽後，代替祖媽出巡笨港境內。每年北港３月１９、２０迎媽祖
座在華麗的祖媽轎內，即是朝天宮內國寶之一的副祖媽。華麗的穿著與慈悲的容顏
是典型的台灣媽祖代表
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